所在团队
陈耀庆团队
研究方向
基于人工智能与多组学的药物靶点发现，多模态医学数据分析
教育经历
中国科学院计算机网络信息中心— 计算机软件与理论（生物信息学方向） 工学博士，2020年3月-2025年7月
中国科学院计算机网络信息中心— 计算机软件与理论（生物信息学方向） 工学硕士，2017年9月-2020年10月
天津师范大学- 数学与应用数学 理学学士，2013年9月-2017年6月
工作经历
2024-至今 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine组委会委员
承担课题及科研项目
2023.06~2025.05 中国科学院战略性先导科技专项资助项目“适配国产异构系统架构的跨体系结构开发框架”
负责设计并实现泛癌分型框架Morphgene，开发基于基因组和组织病理学多模态融合的肿瘤分型方法；在非小细胞肺癌数据上完成了Morphgene验证与生物信息学分析，最终将肺腺癌与肺鳞癌分别区分为四个与预后相关的亚型；结合多个生物数据库挖掘技术，通过生物信息学方法系统性阐述了每个亚型对靶向治疗，免疫治疗和放化疗的受益情况。
相关论文发表在《International Journal of Biomathematics》上
2023.06~2025.04 光合基金项目“面向国产异构计算平台的超大规模集成电路全局布局器移植优化”负责泛癌分型框架Morphgene中图像处理热点计算的异构加速研究，通过CPU线程池调度、张量计算和深度学习推理优化技术，提出并实现了基于CPU与GPU的多阶段优化策略，显著提升了病理图像特征提取和分析的计算性能，综合加速比达到67倍以上，加强了Morphgene的临床时效性与应用前景。
相关论文发表在《数据与计算发展前沿》上。
2021.06~2021.12 中国科学院B类先导科技专项培育项目课题“多维生命组学大数据的异构并行计算软件研制”
提出了基于卡方检验的微卫星位点筛选策略和阈值迭代的多模型对比方案，开发了MSIsensor-ct。通过在不同ctDNA浓度和测序深度的独立测试数据集上进行评估，MSIsensor-ct在ctDNA含量低至0.05%的情况下仍能实现较高的检测准确率，验证了其在极限检测条件下的鲁棒性，且在不同测序条件下表现出较高的面板兼容性，为液体活检中高灵敏度的MSI检测提供了有效工具。
相关论文发表在生物信息学顶刊《Briefings in Bioinformatics》上。
2019.03~2021.06 中国科学院横向项目“宫颈癌组学数学深度挖掘分析”
构建了宫颈癌RNA数据处理和分析流程；完成了宫颈癌癌前病变与肿瘤回退组数据的系统比对与生物学特征挖掘。
相关论文正在审核中。
2018.07~2020.12 国家重点研发计划子课题“生态环境损害鉴定评估业务化技术研究”完成了生态环境相关数据的关联性分析工作，优化并验证了数据分析流程。
2018.07~2020.12 中国科学院信息化专项课题“大尺度基因组重构及注释的高性能软件”
负责六倍体小麦基因组拼接算法的开发，组装了高NUE小麦品种KN9204的高质量基因组，提供了普通小麦的全面氮代谢基因图谱。系统地鉴定了与氮吸收和代谢相关的基因，并在全基因组水平上表征了KN9204的NUE机制，利用基因组、转录组、表观组及重要基因功能揭示了驱动高氮利用率（KN9204）与低氮利用率（J411）两个小麦品种之间NUE差异的分子机制。
相关论文发表在Cell子刊《Molecular Plant》上。
2018.01~2021.12 国家自然科学基金面上项目“泛癌体细胞突变热点分析算法研究”
承当RNA数据挖掘工作流的搭建工作；
开发了基于机器学习方案的单肿瘤MSI检测软件MSIsensor2，并且在分子水平上全方位评估了高鲁棒性MS检测位点的生物学特性；目前MSIsensor2已经被FDA批准用于应用于多家测序系统的临床MSI检测流程中。
相关论文正在审核中。
2018.01~2018.12 青海省科技成果转化专项“基于高通量测序技术的新生儿出生缺陷筛查新技术研究与示范”负责组学数据的基础处理与基于统计学的数据挖掘分析，为出生缺陷筛查提供数据支持。
相关论文发表在《科研信息化技术与应用》上。
代表性文章
- Xiaoli Shi#, Fa Cui#, Xinyin Han#, Yilin He, Long Zhao, Na Zhang, Hao Zhang, Haidong Zhu, Zhexin Liu, Bin Ma, Shusong Zheng, Wei Zhang, Jiajia Liu, Xiaoli Fan, Yaoqi Si, Shuiquan Tian, Jianqing Niu, Huilan Wu, Xuemei Liu, Zhuo Chen, Deyuan Meng, Xiaoyan Wang, Liqiang Song, Lijing Sun, Jie Han, Hui Zhao, Jun Ji, Zhiguo Wang, Xiaoyu He, Ruilin Li, Xuebin Chi, Chengzhi Liang, Beifang Niu, Jun Xiao, Junming Li, and Hong-Qing Ling, “Comparative Genomic and Transcriptomic Analyses Uncover the Molecular Basis of High Nitrogen-Use Efficiency in the Wheat Cultivar Kenong 9204,” Molecular Plant, 2022.
- Xinyin Han, Shuying Zhang, Daniel Cui Zhou, Dongliang Wang, Xiaoyu He, Danyang Yuan, Ruilin Li, Jiayin He, Xiaohong Duan, Michael C Wendl, and Others, “MSIsensor-Ct: Microsatellite Instability Detection Using cfDNA Sequencing Data,” Briefings in Bioinformatics, 2021.
- Xinyin Han, Jing Mu, Chen Li, Beifang Niu, Ning Xiao, and Zhonghua Lu, “Integrative Subtyping of Nonsmall Cell Lung Cancer Using Histopathology and Multi-Omics Data,” International Journal of Biomathematics, 2025.
- Danyang Yuan, Xiaoyu He, Xinyin Han, Chunyan Yang, Fei Liu, Shuying Zhang, Haijing Luan, Ruilin Li, Jiayin He, Xiaohong Duan, Dongliang Wang, Qiming Zhou, Sujun Gao, and Beifang Niu, “Comprehensive Review and Evaluation of Computational Methods for Identifying FLT3-Internal Tandem Duplication in Acute Myeloid Leukaemia,” Briefings in Bioinformatics, 2021.
- ⼀种基于GPU加速的⾮⼩细胞肺癌分型框架。2024，数据与计算发展前沿
- 基于机器学习的基因组微卫星状态探测⽅法综述。2021，数据与计算发展前沿
- 肿瘤突变印迹的求解算法⽐较。2021，计算机系统应⽤，核⼼期刊。
- ⼏类图的字典式乘积图的(d,1)-全标号。2019，华东师范⼤学学报(⾃然科学版).
