国家级青年人才，副教授，博导

中山大学逸仙新锐学者

 

个人简介

      刘斯洋，国家级青年人才，中山大学公共卫生学院(深圳)副教授、研究员、博士研究生导师。长期致力于遗传统计、生物信息学及人工智能领域的方法研发与应用研究。围绕如何高效且有效识别疾病的遗传和环境病因这一关键科学技术问题，研发创新算法和方法，并应用于真实世界健康医疗大数据，以解析人类复杂疾病的系统病因，建立面向个体与人群的疾病预警与干预模型。主要学术成绩包括: (1) 研发基于组装序列的精确结构性变异检测算法，阐明人类群体结构变异的频率分布及演化规律。（2）研发了基于临床超低深度测序数据的遗传病因解析新方法，系统揭示中国人群百余种母婴疾病和表型的遗传基础。(3) 研发跨代孟德尔随机化新方法，识别对子代重要出生结局具有显著影响的宫内环境因素。发表SCI论文40余篇，其中以第一作者或通讯作者（含共同）在《CELL》《NATURE》《BLOOD》《J HEPATOL》等国际顶级期刊发表论文20余篇，获授权发明专利5项。主持3项国家自然科学基金、1项广东省人才专项基金、1项深圳市基金、参与国家重点研发计划、广东省区域联合基金等科研项目。

 

教研室

卫生统计与系统生物学教研室

 

课题组网站

https://liusylab.org/

 

课题组公众号

LiuLab遗传统计与生物信息

 

研究方向

基于健康医疗大数据的病因解析方法研发与应用

复杂疾病的系统流行病学研究

 

工作经历

2021/01-至今              中山大学公共卫生学院（深圳）副教授，博导

2020/01-2020/12        深圳华大生命科学研究院 基因组学研究员(正高)，博导

2018/01-2019/12        深圳华大生命科学研究院，信息研发高级工程师

 

教育经历

2015/05-2017/12   丹麦哥本哈根大学，生物信息学博士，导师：Anders Krogh & Anders Albrechtsen

2012/09-2015/04   丹麦哥本哈根大学，生物信息学硕士，导师：Anders Krogh

2007/09-2011/06   中山大学,生命科学学院，理学学士

 

讲授课程

课程负责人: 《医学信息学基础与实验》《R语言与统计分析》《医学信息学编程》

参与课程: 《卫生统计学》《医学统计学》《Python与数据科学》

《生物信息学》《公共卫生与人工智能》《流行病学方法与应用》

 

承担课题及科研项目

主持:

  1. 国家自然科学基金青年科学基金项目(B类)[原优秀青年科学基金项目], 2026.01-2028.01, 主持，在研

  2. 国家自然科学基金面上项目,2025.01-2028.12,  主持，在研

  3. 深圳市稳定支持面上项目, 2022.09-2025.08, 主持，在研

  4. 中山大学“百人计划”启动项目，2021.01-2023.12, 主持，结题

  5. 国家自然科学基金青年项目，2020.01-2022.12，主持，结题

  6. Innovation Fund Denmark, 2015.04-2018.04, 主持，结题

参与：

  1. 国家重点研发计划项目, 2022.12-2025.12, 课题骨干，在研

  2. 国家重点研发计划项目, 2021.12-2024.11, 课题骨干，在研

  3. 广东省基础与应用基础研究区域联合基金-重点项目，2022.01-2025.09, 课题负责人，在研

 

代表性文章

详见https://liusylab.org/publication/

时间倒序 (#共同第一作者; *共同通讯作者)

  1. Gu Y#, Zheng H#, Wang P#, Liu Y, Guo X, Wei Y, Yang Z, Cheng S, Chen Y, Hu L, Chen X, Zhang Q, Chen G, Wei F*, Zhen J*, Liu S*. Genetic architecture and risk prediction of gestational diabetes mellitus in Chinese pregnancies. Nature Communications. 2025
  2. Liu Y#, Wei Y#, Chen X#, Huang S#, Gu Y, Yang Z, Guo X, Zheng H, Feng H,Huang M, Chen S, Xiao T, Hu L, Zhang Q, Zhang Y, Chen G, Qiu X*, Wei F*, Zhen J*, Liu S*. Genetic study of intrahepatic cholestasis of pregnancy in Chinese women unveils East Asian etiology linked to historic HBV epidemic. Journal of Hepatology. 2025 (封面论文)
  3. Yang Z#, Hu L#, Zhen J#, Gu Y, Liu Y, Huang S, Wei Y, Zheng H, Guo X, Chen G, Yang Y, Xiong L*, Wei F*, Liu S*. Genetic Basis of Altered Platelet Counts and Gestational Thrombocytopenia in Pregnancy. Blood. 2024
  4. Wei Y#, Zhen J#, Hu L#, Gu Y, Liu Y, Guo X, Yang Z, Zheng H, Cheng S, Wei F*, Xiong L*, Liu S*. Genome-wide association studies of thyroid-related hormones, dysfunction, and autoimmunity among 85,421 Chinese pregnancies. Nature Communications. 2024
  5. Huang S#, Liu S#, Huang M#, He J#, Wang C, Wang T, Feng X, Kuang Y, Lu J, Gu Y, Xia X, Lin S, BIGCS Group, Zhou W, Fu Q, Xia H*, Qiu X*. The Born in Guangzhou Cohort Study enables generational genetic discoveries. Nature. 2024 
  6. Liu S#*, Liu Y, Gu Y, Lin X, Zhu H, Liu H, Xu Z, Cheng S, Lan X, Huang M, Li H,Nielsen R, Davies R, Albrechtsen A, Chen G, Qiu X, Jin X*, Huang S*. Utilizing non-invasive prenatal test sequencing data for human genetic investigation. Cell Genomics. 2024 (封面论文)
  7. Liu S#*, Yao J#, Lin L#, Lan X#, Wu L#, He X#, Kong N, Li Y, Deng Y, Xie J, Zhu H, Wu X, Li Z, Xiong L, Wang Y, Ren J, Qiu X, Zhao W, Gao Y, Chen Y, Su F, Zhou Y, Rao W, Zhang J, Hou G, Huang L, Li L, Liu X, Nie C, Luo L, Zhao M, Liu Z, Chen F, Lin S, Zhao L, Fu Q, Jiang D, Yin Y, Xu X, Wang J, Yang H, Wang R, Niu J*, Wei F*, Jin X*, Liu S*. Genome-wide association study of maternal plasma metabolites during pregnancy.Cell Genomics. 2024
  8. Zhen J#, Gu Y#, Wang P, Wang W, Bian S, Huang S, Liang H, Huang M, Yu Y, Chen Q, Jiang G, Qiu X, Xiong L*, Liu S*. Genome-wide association and Mendelian randomisation analysis among 30,699 Chinese pregnant women identifies novel genetic and molecular risk factors for gestational diabetes and glycaemic traits. Diabetologia. 2024 
  9. Bian S#, Guo X#, Yang X, Wei Y, Yang Z, Cheng S, Yan J, Chen Y, Chen G, Du X, Francis S, Shu Y*, Liu S*. Genetic determinants of IgG antibody response to COVID-19 vaccination. The American Journal of Human Genetics. 2024
  10. Cheng S, Zheng H, Wei Y, Lin X, Gu Y, Guo X, Fan Z, Li H, Cheng S*, Liu S*. Gut Microbiome and Stroke: a Bidirectional Mendelian Randomisation Study in East Asian and European Populations. Stroke and Vascular Neurology. 2024
  11. Cheng S#, Xu Z#, Bian S, Chen X, Shi Y, Li Y, Duan Y, Liu Y, Lin J, Jiang Y, Jing J, Li Z, Wang Y, Meng X, Liu Y, Fang M, Jin X, Xu X, Wang J, Wang C, Li H, Liu S*, Wang Y*. The STROMICS genome study: deep whole genome sequencing and analysis of 10K Chinese patients with ischemic stroke reveal complex. Cell Discovery. 2023 
  12. Wang F#, Huang S#, Gao R, Zhou Y, Lai C, Li Z, Xian W, Qian X, Li Z, Huang Y, Tang Q, Liu P, Chen R, Liu R, Li X, Tong X, Zhou X, Bai Y, Duan G, Zhang T, Xu X, Wang J, Yang H, Liu S*, He Q*, Jin X*, Liu L*.Cell Discovery. 2022
  13. Liu S#, Huang S#, Chen F#, Zhao L#, Yuan Y#, Francis S, Fang L, Li Z, Lin L, Liu R, Zhang Y, Xu H, Li S, Zhou Y, Liu Q, Walters R, Lin K, Ju J, Korneliussen T, Yang M, Fu Q, Wang J, Zhou L, Krogh A, Zhang H, Wang W, Chen Z, Yin Y, Yang H, Mao M, Shendure J, Wang J*, Albrechtsen A*, Jin X*, Nielsen R*, Xu X*. Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic Associations, Patterns of Viral Infections, and Chinese Population History. Cell. 2018
  14. Maretty L#, Jensen JM#, Petersen B#, Sibbesen JA#, Liu S#, Villesen P#, SkovL#, Belling K#, Theil Have C, Izarzugaza JMG, Grosjean M, Bork-Jensen J, Grove J,Als TD, Huang S, Chang Y, Xu R, Ye W, Rao J, Guo X, Sun J, Cao H, Ye C, van Beusekom J, Espeseth T, Flindt E, Friborg RM, Halager AE, Le Hellard S, Hultman CM, Lescai F, Li S, Lund O, Løngren P, Mailund T, Matey-Hernandez ML, Mors O, Pedersen CNS, Sicheritz-Pontén T, Sullivan P, Syed A, Westergaard D, Yadav R, Li N, Xu X, Hansen T, Krogh A, Bolund L, Sørensen TIA, Pedersen O, Gupta R, Rasmussen S, Besenbacher S, Børglum AD, Wang J, Eiberg H, Kristiansen K*, Brunak S*, Schierup MH*. Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference. Nature. 2017
  15. Liu S#, Huang S#, Rao J#, Ye W#; Genome Denmark Consortium, Krogh A*, Wang J*. Discovery, genotyping and characterization of structural variation and novel sequence at single nucleotide resolution from de novo genome assemblies on a population scale. Gigascience. 2015

 

专利情况

  1. Base mutation detection method and apparatus based on sequencing data, and storage medium, 2023, PCT/CN2019/086972 (中国、欧洲、沙特、马来西亚四国授权)

  2. 一种基于基因组组装的变异检测方法和装置, 2015，ZL201510043793.2 (中国授权)

  3. 妊娠糖尿病风险预测方法、装置、介质及产品，2025101592122 

  4. 一种卒中预后预测方法、系统、计算机设备及存储介质, 2024119535280

 

会议特邀学术报告

  1. 刘斯洋，基于健康医疗大数据解析母婴疾病与表型的遗传基础和环境成因, 中国功能基因组与系统生物学分会2025全国学术研讨会，长沙，中国，2025年4月

  2. Siyang Liu, Utilizing non-invasive prenatal test sequencing data for medical genetic investigation, 中国遗传学会2024全国学术研讨会, 长沙，中国, 2024年11月

  3. Shiyao Cheng & Siyang Liu, Developing and Validating DISCO: An Accurate and Explainable Machine Learning Model for Predicting Composite Post-Stroke Outcomes, The 31st Workshop of the International Stroke Genomic Consortium, Los Angeles, US, Sep 26th 2024

  4. Siyang Liu, STROMICS: Methodologies and advancements in multi-omics research of stroke, The 10th Annual Conference of the Chinese Stroke Association & Tiantan International Stroke Conference, Beijing, China, Jun 14th 2024

  5. Siyang Liu, An atlas of quantitative trait loci for a hundred gestational phenotypes, The 57th European Human Genetic Conference, Berlin, Germany, Jun 3rd 2024

  6. Siyang Liu, Mendelian randomization of inflammation on stroke recurrence, The 30th Workshop of the International Stroke Genetics Consortium, Munich, Germany, Apr 24th 2024

  7. Siyang Liu, Multi-trait genome-wide association study in 34,394 Chinese women reveals the genetic architecture of plasma metabolites during pregnancy, The International conference of bioinformatics and computation biology, Hangzhou, China, Apr 22nd2023

 

获奖情况

2025 中山大学优秀博士研究生毕业论文指导老师

2025 中山大学逸仙新锐学者

2024 主持《R语言与统计分析》获评深圳市高等院校“精品共享课”

2024 中山大学优秀硕士研究生毕业论文指导老师

2023-2024 全国大学生统计建模大赛国家级奖项、广东省一等奖指导老师

2018 深圳市海外高层次人才-孔雀B

2018 深圳华大生命科学研究院 重大科研成果奖

2012-2014 Danish Government Scholarship

2007-2010国家奖学金

 

学术兼职

  1. Journal of Translational Genetics and Genomics (转化遗传与基因组学), 青年编委

  2. 中国卒中学会多组学分会，常务委员

  3. 广东省营养转化工程技术研究中心，核心成员

  4. 深圳市病原微生物与生物安全重点实验室，核心成员

 

学生培养

详见https://liusylab.org/people/

 

招生信息

一般招收博士生1人/年(招生专业: 流行病与卫生统计学)、硕士生2人/年(招生专业: 流行病与卫生统计学、公共卫生)，本科生2-3人/年进行科研训练，常年招收博士后以及专职科研人员（助理研究员以及研究助理）。热忱欢迎对健康医疗大数据、遗传统计和生物信息学等领域感兴趣的医学、生物、数学、计算机及相关方向的同仁加入研究团队！ 联系人：刘斯洋，联系方式：liusy99@mail.sysu.edu.cn ，来信请注明申请方向及职位。