教授，博士生导师

卫生统计学与系统生物学教研室

科研简介

DuLab秉持“揭示复杂现象中的简单美，服务全民健康”的科研哲学，聚焦传染病定量建模领域，深耕基础研究与应用研究协同发展，致力于为传染病防控与全民健康提供科学支撑。研究工作侧重综合运用统计学习、理论建模及高通量实验技术等多学科手段，整合从微观到宏观的多维异质信息，定量解析多种系统因素与传染病产生、演化、传播、感染免疫及致病过程的复杂关联，揭示并量化描述其背后的核心规律与内在机制，为传染病日常监测、预警、防控及临床治疗提供精准的理论指导与技术支撑。代表性成果包括：基于突变网络框架系统解析病原体演化与传播规律；基于人工智能技术实现快速精准的抗原预测及有效疫苗株推荐；融合多维信息构建传染病真实场景下的高效长期建模预测模型；融合统计建模与机制建模，开展传染病复杂场景的模拟、评估与预测；以及免疫力多组学系统网络解码与干预应用等。课题组成员以第一或通讯作者身份，在Science Translational Medicine、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Briefings in Bioinformatics、Journal of Infection、PLoS Pathogen、Emerging Microbes & Infections、Journal of Virology、Nonlinear Dynamics等国际高水平学术期刊发表SCI论文40余篇，授权发明专利8项，承担传染病相关国家、省、市各级重大、重点及一般项目近20项，在传染病系统建模领域形成良好积累。课题组构建维护传染病数据资源库，持续优化更新传染病相关专业知识、数据工具以及相关资源，包括上线多样自产预测工具以及主持预测比赛，期待为推进传染病多学科交叉研究以及传染病精准防控做出贡献。详情可跟踪课题组公众号“DuLab计算生物学”了解及时信息。

研究方向

1. 流行病与卫生统计学/生物信息学/计算与系统生物学
2. 传染病分子演化与传播规律解析、系统融合建模与预测预警
3. 病原宿主互作系统网络解析与多组学免疫力数字解码
4. 公共卫生与医学大数据深度挖掘

工作经历

2018/01 -  至今       中山大学公共卫生学院（深圳），教授

2015/12-2017/12   芝加哥大学生态进化系，研究专员

2014/10-2015/11   霍华德休斯医学研究所（HHMI），研究助理（密歇根大学、芝加哥大学）

2010/09-2014/09   美国国立卫生院（NIH）国立生物信息学中心（NCBI），博后

教育经历

2005/09-2010/07   中国科学院生物物理研究所，生物信息学，理学博士

2001/09-2005/07   华中科技大学物理系，应用物理学，理学学士

讲授课程

1. 本科：卫生统计学、医学统计学、Python与数据科学、医学人工智能等
2. 研究生：定量与系统医学、医学统计学进阶、医学信息学编程、公共卫生领导力、公共卫生与人工智能、生物信息学等

社会兼职

1. 中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会副主任委员
2. 中华预防医学会生物信息学专委会委员
3. 中国生物物理学会医学信息学分会委员
4. 中国微生物学会智能计算微生物学专委会委员
5. 中华医学会医学信息学分会委员（医学大数据与人工智能学组）
6. 期刊编辑：hLife, BMC Infectious Diseases, Infectious Medicine, Frontiers in Digital Health

代表性成果

DuLab 聚焦传染病流行传播中的不确定性与防控被动性难题，以传染病传播规律为主线，系统性整合微观病原演化（传染源）、宿主免疫互作（易感人群）与宏观环境影响（传播途径）三大核心系统要素，综合运用人工智能、数学建模与高通量多组学技术，实现传染病传播机制的系统解析与定量化建模。近 5 年来，DuLab 以第一/通讯作者身份发表 SCI 论文 31 篇，其中 JCR 1区论文 24 篇、中科院1区论文 14 篇、影响因子大于10 论文 7 篇，获授权发明专利 7 项。针对传染病领域数据分散、整合不足以及研究受限的现状，课题组同步搭建传染病数据资源库（https://iddr.com.cn/）与学术公众号，系统汇聚领域前沿进展、数据工具与核心资源；发起传染病演化与传播预测竞赛，持续活跃生物信息学与传染病学交叉论坛；建立基于自然人群的免疫追踪队列，为交叉融合研究与精准防控实践提供关键支撑。未来，DuLab 将继续深耕传染病系统建模，依托人工智能大模型与大数据技术，进一步发展融合病原演化、宿主免疫与传播动力学的系统建模理论与方法，提升真实场景下传染病流行模拟与预测精度，降低趋势研判不确定性，推动以精准设计、精准防治与精准干预为核心的传染病防控体系落地。

变异规律解析与预测：病原体优势变异株预测对于精准传染病预测预警与防控至关重要，然而，由于我们对其影响因素及其规律缺乏全面理解，导致流行株及其对流行传播影响效果预测受限。病原体微观分子变异受自身蛋白结构及功能约束，同时也受到宿主免疫系统选择，在群体层面也存在竞争与淘汰，因此，要想有效识别优势变异株或预测变异方向，需综合考虑这些系统影响因素，了解清楚其中规律。从变异预测相关的微观、宏观及免疫系统影响因素的角度出发，发展创新理论方法来推进传染病病原体变异预测是本课题组其中的一个重要的研究方向，目前已在Nature Communications，Journal of Infections， Briefings in Bioinformatics等发表了相应成果重点交叉融合方向1：微观病原演化变异规律解析与优势表型预测预警

在病原与宿主持续的“进化军备竞赛” 中，病原往往占据演化先机，因此解析病原分子进化规律，对精准把握和预测传染病流行趋势至关重要。与此同时，病原变异演化的规律解析与基因型表型的关联研究，也将为疫苗免疫原的精准有效设计提供理论支撑。本方向聚焦病原变异、进化与传播规律解析及优势表型预测预警，主要开展两方面研究：一方面，发展网络分析方法，系统揭示病原分子进化中突变、重组与自然选择等核心过程机制规律；结合传统系统发育分析与流行病学等多维度数据，解析重要传染病的进化与传播规律，例如系统阐明季节性流感在我国的时空传播特征，明确岭南地区作为流感起源地的关键地位。另一方面，基于人工智能与统计学习技术，构建适用于季节性流感及其他重要传染病的抗原预测模型，系统绘制传染病抗原进化图谱，为及时、精准的疫苗株推荐提供科学依据。其中，自主研发的PREDEC 系列流感抗原预测模型，已支撑国家流感中心日常抗原监测，并服务于世界卫生组织疫苗株推荐工作。近 5 年，DuLab 在该方向共发表 SCI 论文12 篇，其中 JCR1区论文 9 篇、中科院1区论文5 篇、影响因子＞10 论文 3 篇，获授权发明专利 5 项，相关成果发表于 Nature Communications、Journal of Infections、Briefings in Bioinformatics 等国际高水平期刊。

重点交叉融合方向2：病原宿主互作系统网络解析与多组学免疫力数字解码

可造成人际传播与人群感染的传染病是公共卫生领域的核心关注对象，其病原危害与传播风险是开展研究与防控的根本前提。开展病原宿主互作机制研究，不仅有助于解析传染病流行传播规律、支撑精准预测预警，也可为靶向干预药物与疫苗的理性设计提供关键理论基础。

宿主系统是高度复杂的动态生物网络，因此本方向从病原宿主互作网络层面开展系统性研究：通过构建高精度分子互作网络，依托网络科学理论开展药物靶点挖掘与候选分子筛选；同时，整合基因组、转录组、蛋白质组、抗体组等多维高通量组学数据，从感染易感性、疫苗免疫应答等维度解析宿主免疫特征与分型规律。课题组建立了面向感染与疫苗接种的抗体库动态追踪队列，发展了基于高通量抗体测序数据的免疫特征分类模型，通过精细解析抗体库动态变化，在分子层面揭示重复免疫接种的内在规律，为优化疫苗使用策略提供重要科学依据。近 5 年，DuLab 在该方向共发表 SCI 论文 6 篇（均为 JCR 1区），其中中科院1区论文3 篇、影响因子＞10 论文 2 篇，获授权发明专利 2 项，相关成果发表于 International Journal of Biological Macromolecules、Emerging Microbes & Infections、Briefings in Bioinformatics 等国际高水平期刊。

重点交叉融合方向3：真实场景传染病流行传播规律解析与系统建模预测

传染病流行过程由传染源（病原）、易感人群（宿主）与传播途径（环境）三大核心要素共同驱动，三者相互作用、动态耦合，决定了传染病在人群中的流行规律。基于这一核心框架，DuLab 综合运用统计学习与人工智能技术，融合流行病学监测、互联网搜索、药物销售、气象环境、人口流动、社会经济及防控政策等多维度系统数据，系统解析传染病流行的关键影响因素与内在机制；并在此基础上持续优化数学与机制驱动模型，实现复杂真实场景下传染病流行趋势的长效模拟与精准预测。团队先后构建了进化驱动的季节性流感 H3N2 预测框架、H3N2/H1N2 多亚型联合预测框架以及B 型流感多分支模拟预测体系，揭示了 B/Yamagata 谱系消失的潜在驱动机制，为传染病精准防控提供了关键理论与技术支撑。近 5 年，DuLab 在该方向共发表 SCI 论文 13 篇，其中 JCR 1区论文 9 篇、中科院1区论文 6 篇、影响因子＞10 论文 2 篇，相关成果发表于 Science Translational Medicine、Nature Communications、PLoS Pathogens 等国际高水平期刊。

未来交叉融合研究重点及布局

DuLab 面向当前传染病研究存在的关键短板，以多学科交叉为切入点，聚焦解决领域核心科学问题，最终目标是构建融合微观病原演化、宿主免疫互作与宏观环境生态的协同融合模拟与预测模型体系。围绕这一总体目标，在微观病原演化研究方面，将系统优化并体系化发展基于突变网络的演化分析工具，深度整合传播动力学、突变位点识别、基因重组与重配、种群动态等核心分析功能，重点突破大数据场景下的计算效率与用户友好性等关键问题。在优势表型与毒株预测方面，将依托人工智能技术，融合多维度互作信息，包括突变网络结构、宿主免疫信息（特别是抗体库动态数据）及宏观环境影响因素，构建更高精度的优势毒株预测模型。在宿主免疫互作研究方面，将依托自然人群免疫力动态跟踪队列开展工作。一方面，依托抗体分类模型与大规模抗体库数据构建抗体动态演化模型，阐明抗体应答与变化规律，为疫苗抗原设计与免疫策略制定提供理论指导；另一方面，基于免疫互作网络解析宿主易感性与疫苗反应的系统动态机制，探索精准人群干预途径，揭示人群免疫异质性对传染病传播流行的影响。最终，在真实场景传染病模拟预测方面，将发展人工智能与数学建模深度融合的混合模型，逐步攻克重要传染病在真实场景、多病原体互作体系及区域大尺度下的精准模拟与预测难题，并最终实现病原-环境-宿主协同体系融合系统建模，指导践行精准传染病防控。

承担主要课题

1. 科学技术部, 重大专项, 病原体分子演化和持续传播风险评估技术研究, 2025- 2028, 在研, 参与
2. 国家自然科学基金委员会,专项项目, 解码“病毒/宿主互作”中的糖质信息,2025- 2027, 在研, 参与
3. 广州国家实验室，呼吸传染病防控的数据标准、数据治理和数据库系统研究，2024-2028，在研，参与
4. 国家重点研发计划病原学与防疫技术体系研究专项，新型流感病毒暴发流行的风险评估和时空预测预警，2023-2025，结题，参与
5. 国家重点研发计划病原学与防疫技术体系研究专项，病原变异及其跨物种传播的回溯和演进方法体系构建，2022-2024，结题，参与
6. 广东省重点领域研发计划生物安全技术专项，基于多元数据库的病毒性传染病预警系统及实验室生物安全相关技术设备平台研发，2022-2026，在研，参与
7. 国家自然科学基金国际（地区）合作与交流项目，EEID:U.S.-China:基于生态大数据的中国禽流感病毒进化多样性和传播动力学预测预警研究，2020-2024，结题，参与
8. 科学技术部社会发展科技司，全球新冠肺炎疫情综合信息分析研究，2022-2023，结题，主持
9. 国家自然科学基金面上项目，基于动力学模型整合多维数据的中国季节性流感流行预测，2020-2023，结题，主持
10. 广东省自然科学基金面上项目，基于大数据的新发重大传染病监测、预警与应对，2021-2023，结题，主持
11. 深圳市科创委高层次人才团队项目，重要传染病精准预警与防治技术体系研发团队，2019-2024，结题，参与
12. 深圳市科创委技术攻关重点项目，基于免疫原优化的广谱冠状病毒疫苗研发，2020-2023，结题，参与
13. 深圳市科创委稳定支持重点项目，基于免疫机制的重要呼吸道病毒防控技术研究，2020-2023，结题，参与
14. 广东省重点领域研发计划广东省防治新型冠状病毒科技攻关专项，信息驱动新冠肺炎综合防治体系研究，2021-2022，结题，主持
15. 广东省重点领域研发计划防控减灾与应急救援专项，粤港澳大湾区突发急性传染病监测预警与紧急医学救援关键技术及装备的研发与示范，2020-2022，结题，参与
16. 广东省重点领域研发计划精准医学专项，精准医学大数据挖掘与整合分析平台建设，2019-2022，结题，参与
17. 国家重点研发计划公共安全风险防控与应急技术装备应急专项，2019-nCoV基因组变异规律和流行趋势预测研究，2020-2021，结题，参与
18. 国家海外高层次人才项目，传染病计算系统生物学，2017-2020，结题，主持

代表性论文

1. Chi Zhang,Jinfeng Zeng,Li Yin,Wenjie Han,Jingru Feng, JialuZheng,Zeqiang Zheng,Haoyu Long,Jing Tang, YilinChen,Xiangjun Du*.Spatio-temporal dispersal patterns of SARS-CoV-2 in the Chinese mainland following the COVID-19 response adjustment. International Journal of Infectious Diseases, 2026 Mar; 164:108391【当年IF=4.3/JCR1区/中科院2区，PMID:41534564】
2. Zicheng Cao, Wenjie Han, Xue Zhang, Chi Zhang, Jinfeng Zeng, Yilin Chen,Haoyu Long,  Jian Chen, Xiangjun Du*. Systematic Determinants of Global COVID-19 Burden: Longitudinal Time-Series Analysis Using Big Data-Driven Artificial Intelligence. J Med Internet Res 2025 Dec;27:e79745【当年IF=6.0/JCR1区/中科院2区，PMID:41461077】
3. Wenjie Han#, Jinfeng Zeng#, Jiayi Shi, Jingru Feng, Yilin Chen, Jialu Zheng, Peiwen Cheng, Ke Zhai, Chi Zhang, Zekai Qiu, Zicheng Cao, Xue Zhang, Jian Chen, Wenping Xie, Xuejie Du, Qing Guo, Yousong Peng, Dayan Wang, Yuelong Shu*, Taijiao Jiang*, Xiangjun Du*. Unravelingthe mechanism behind the probable extinction of the B/Yamagata lineage of influenza B viruses. Nature Communications, 2025 Nov;16(1):10440【当年IF=15.7/JCR1区/中科院1区，PMID:41290626】
4. Yixiong Chen#, Xue Zhang#, Sheng Zhang, Wenjie Han, Ziqi Wang, JianChen, Jinfeng Liu, Jingru Feng, Jiayi Shi, Haoyu Long, Zicheng Cao, Jie Zhang,Yuan Li, Xiangjun Du*, Xindong Zhang*,  Meng Ren*. Hand, foot and mouth disease risk prediction in southern China: a multivariate analysis integrating internet search and epidemiological surveillance data. JMIR Infodemiology, 2025 Oct:5:e75434【当年IF=2.3/JCR2区/中科院3区，PMID: 41066614】
5. Haoyu Long, Jinfeng Zeng, Yilin Chen, Kang Tang, Chi Zhang, Qianru Sun, Lei Gao, Yuhui Lin, Junting He, Chunhui Yang, Xiaoying Lin, Wenzhe Su, Kuibiao Li, Biao Di, Min Kang, Chongguang Yang, and Xiangjun Du*. Global Circulation Dynamics and Its Determinants of Dengue Virus: A Network Evolution and Model Study from 1990 to 2019.Viruses, 2025 Aug;17(8):1078 【当年IF=3.5/JCR2区/中科院3区，PMID:40872792】
6. Jingru Feng#, Rui Shi#, Huixin Zhou#, Shijie Wu, Junyu Hu, Taijiao Jiang, Wenjie Han*, Xiangjun Du*. Mapping the Global Antigenic Evolution of Human Influenza A/H3N2 Neuraminidase Based on a Machine Learning Model 1968-2024. China CDC Weekly2025 Jul; 7(29):973-978【当年IF=3.1/JCR1区/中科院4区，PMID:40832063】
7. Wenping Xie#, Jingze Liu#, Chuan Wang#, Jiangyuan Wang, Wenjie Han, Yousong Peng*, Xiangjun Du*, Jing Meng*, Kang Ning*, Taijiao Jiang*. PREDAC-FluB: predicting antigenic clusters of seasonal influenza B viruses with protein language model embedding based convolutional neural network. Briefings in Bioinformatics, 2025 Jul; 26(4):bbaf308 【当年IF=7.7/JCR1区/中科院1区，PMID: 40665740】
8. Jian Chen#, Daoze Wang#, Jialu Zheng, Bing Zhang, Yilin Chen, Haoyu Long, Jinfeng Zeng, Zicheng Cao, Wenjie Han, Gang Wang, Xue Zhang, Jianyun Lu*, Zhoubin Zhang*, Xiangjun Du*.Trends and factors influencing over-the-counter cold and cough medication sales in Guangzhou, China: 2011–2017. BMC Infectious Diseases, 2025 Jul;25(1):839 【当年IF=3.0/JCR2区/中科院3区，PMID:40597759】
9. HaoyuLong, Yilin Chen, Jingru Feng, Jian Chen, Xue Zhang, Wenjie Han, Min Kang, Xiangjun Du*. Annual global dengue dynamics are related to multi-source factors revealed by a machine learning prediction analysis. PLoS Neglected Tropical Diseases, 2025 Jun;19(6): e0013232【当年IF=3.4/JCR1区/中科院1区，PMID:40561184】
10. Jialu Zheng, Jinfeng Zeng, Haoyu Long, Jian Chen, Kaijie Liu, Yixiong Chen*, Xiangjun Du*; Recombination and selection trajectory of the monkeypox virus during its adaptation in the human population. Journal of Medical Virology, 2024 Jul;96(7): e29825【当年IF=6.8/JCR1区/中科院3区，PMID:39043566】
11. Ke Zhai#, Jinze Dong#, Jinfeng Zeng, Peiwen Cheng, Xinsheng Wu, Wenjie Han, Yilin Chen, Zekai Qiu, Yong Zhou, Juan Pu*, Taijiao Jiang*, Xiangjun Du*. Global antigenic landscape and vaccine recommendation strategy for low pathogenic avian influenza A (H9N2) viruses. Journal of Infection, 2024 Aug;89(2):106199 【当年IF=14.3/JCR1区/中科院1区，PMID:38901571】
12. Kang Tang, Qianru Sun, Jinfeng Zeng, Jing Tang, Peiwen Cheng, Zekai Qiu, Haoyu Long, Yilin Chen, Chi Zhang, Jie Wei, Xiaoping Qiu, Guozhi Jiang, Qianglin Fang, Litao Sun, Caijun Sun, Xiangjun Du*. Network-based approach for drug repurposing against mpox. International Journal of Biological Macromolecules, 2024 Jun;270(2):132468 【当年IF=7.7/JCR1区/中科院1区，PMID:38761900】
13. Yilin Chen#, Feng Tang#, Zicheng Cao, Jinfeng Zeng, Zekai Qiu, Chi Zhang, Haoyu Long, Peiwen Cheng, Qianru Sun, Wenjie Han, Kang Tang, Jing Tang,Yang Zhao, Dechao Tian, Xiangjun Du*. Global pattern and determinant for interaction of seasonal influenza viruses. Journal of Infection and Public Health, 2024 Jun;17(6):1086-1094 【当年IF=6.7/JCR1区/中科院3区，PMID:38705061】
14. Peiwen Cheng, Ke Zhai, Wenjie Han, Jinfeng Zeng, Zekai Qiu, Yilin Chen, Kang Tang, Jing Tang, Haoyu Long, Taijiao Jiang*, Xiangjun Du*. Characterizing the antigenic evolution of pandemic influenza A (H1N1) pdm09 from 2009 to 2023. Journal of Medical Virology, 2024 May;96(5): e29657 【当年IF=12.7/JCR1区/中科院3区，PMID:38727035】
15. Jinfeng Zeng#, Fanshu Du#, Linna Xiao, Honglei Sun, Lu Lu, Weipan Lei, Jialu Zheng, Lu Wang, Sicheng Shu, Yudong Li, Qiang Zhang, Kang Tang, Qianru Sun, Chi Zhang, Haoyu Long, Zekai Qiu, Ke Zhai, Zhichao Li, Geli Zhang, Yipeng Sun, Dayan Wang, Zhengwang Zhang, Samantha J. Lycett, George F. Gao, Yuelong Shu, Jinhua Liu, Xiangjun Du*, and Juan Pu*. Spatiotemporal genotype replacement of H5N8 avian influenza viruses contributed to H5N1 emergence in 2021/2022 panzootic. Journal of Virology, 2024 Mar;98(3):e0140123 【当年IF=5.4/JCR2区/中科院1区，PMID:38358287】
16. Guoqin Mai#, Chi Zhang#, Chunhong Lan#, Jie Zhang, Yuanyuan Wang, Kang Tang, Jing Tang, Jinfeng Zeng, Yilin Chen, Peiwen Cheng, Shuning Liu, Haoyu Long, Qilan Wen, Aqin Li, Xuan Liu, Ruitong Zhang, Shuyang Xu, Lin Liu, Yanlan Niu, Lan Yang, Yihan Wang, Di Yin, Caijun Sun, Yaoqing Chen, Wei Shen*, Zhenhai Zhang*, Xiangjun Du*. Characterizing the dynamics of BCR repertoire from repeated influenza vaccination. Emerging microbes & infections, 2023 Dec;12(2):2245931 【当年IF=13.2/JCR1区/中科院1区，PMID:37542407】
17. Qianru Sun, Jinfeng Zeng, Kang Tang, Haoyu Long, Chi Zhang, Jie Zhang, Jing Tang, Yuting Xin, Jialu Zheng, Litao Sun, Siyang Liu and Xiangjun Du*. Variation in synonymous evolutionary rates in the SARS-CoV-2 genome. Frontiers in Microbiology. 2023 Mar;14:1136386 【当年IF=6.1/JCR2区/中科院2区，PMID:36970680】
18. Jing Tang#, Qiumei Xu#, Kang Tang, Xiaoyan Ye, Zicheng Cao, Min Zou, Jinfeng Zeng, Xinyan Guan, Jinglin Han, Yihan Wang, Lan Yang, Yishan Lin, Kaiao Jiang, Xiaoliang Chen, Yang Zhao, Dechao Tian, Chunwei Li, Wei Shen*, Xiangjun Du*. Susceptibility identification for seasonal influenza A/H3N2 based on baseline blood transcriptome. Frontiers in Immunology, 2023 Jan;13:1048774 【当年IF=7.3/JCR1区/中科院2区，PMID:36713410】
19. Bing Zhang#, Weijuan Huang#, Sen Pei, Jinfeng Zeng, Wei Shen, Daoze Wang, Gang Wang, Tao Chen, Lei Yang, Peiwen Cheng, Dayan Wang*, Yuelong Shu*, Xiangjun Du*. Mechanisms for the circulation of influenza A(H3N2) in China: A spatiotemporal modelling study. PLoS Pathogen, 2022 Dec;18(12):e1011046 【当年IF=7.5/JCR1区/中科院1区，PMID:36525468】
20. Bing Zhang#, Tao Chen#, Shiwen Liang, Wei Shen, Qianru Sun, Daoze Wang, Gang Wang, Jing Yang, Lei Yang, Dayan Wang*, Yuelong Shu*, Xiangjun Du*. Subtypes specified environmental dependence of seasonal influenza virus. Science of The Total Environment, 2022 Dec;852:158525 【当年IF=10.8/JCR1区/中科院1区，PMID:36075410】
21. Kang Tang, Jing Tang, Jinfeng Zeng, Wei Shen, Min Zou, Chi Zhang, Qianru Sun, Xiaoyan Ye, Chunwei Li, Caijun Sun, Siyang Liu, Guozhi Jiang, Xiangjun Du*. A network view of human immune system and virus-human interaction. Frontiers in Immunology. 2022 Oct;13:997851 【当年IF=8.8/JCR1区/中科院2区，PMID:36389817】
22. Hao Lei#, Lei Yang#, Gang Wang#, Chi Zhang#, Yuting Xin, Qianru Sun, Bing Zhang, Tao Chen, Jing Yang, Weijuan Huang, Modi Xu, Yu Xie, Yinghan Wang, Pei Xu, Litao Sun, Deyin Guo, Xiangjun Du*, Dayan Wang*, Yuelong Shu*, Transmission patterns of seasonal influenza in China between 2010 and 2018. Viruses, 2022 Sep;14(9):2063【IF=5.8/JCR2区/中科院3区，PMID:36146868】
23. Zekai Qiu, Zicheng Cao, Min Zou, Kang Tang, Chi Zhang, Jing Tang, Jinfeng Zeng, Yaqi Wang, Qianru Sun, Daoze Wang, Xiangjun Du*. The effectiveness of governmental nonpharmaceutical interventions against COVID-19 at controlling seasonal influenza transmission: an ecological study. BMC Infectious Diseases, 2022 Apr;22(1):331 【当年IF=3.7/JCR2区/中科院3区，PMID:35379168】
24. Zicheng Cao#, Zekai Qiu#, Feng Tang, Shiwen Liang, Yinghan Wang, Haoyu Long, Cai Chen, Bing Zhang, Chi Zhang, Yaqi Wang, Kang Tang, Jing Tang, Junhong Chen, Chunhui Yang, Yuzhe Xu, Yulin Yang, Shenglan Xiao, Dechao Tian, Guozhi Jiang, Xiangjun Du*. Drivers and forecasts of multiple waves of the coronavirus disease 2019 pandemic: a systematic analysis based on an interpretable machine learning framework. Transboundary and Emerging Diseases, 2022 Sep;69(5):e1584-e1594 【当年IF=4.6/JCR1区/中科院1区，PMID:35192224】
25. Gang Wang, Bing Zhang, Shiwen Liang, Feng Tang, Yang Zhao, Dechao Tian, Xiangjun Du*. Exploring the interaction of influenza A subtypes based on an evolution-driven transmission model. Nonlinear Dynamics, 2022 Jun;110:933-944 【当年IF=5.7/JCR1区/中科院2区，https://doi.org/10.1007/s11071-022-07661-7】
26. Haoyu Long, Chi Zhang, Cai Chen, Jing Tang, Bing Zhang, Yinghan Wang, Jiali Pang, Wenzhe Su, Kuibiao Li, Biao Di, Yao-Qing Chen, Yuelong Shu and Xiangjun Du*. Assessment of the global circulation and endemicity of dengue. Transboundary and Emerging Diseases, 2022 Jun: 69(4):2148-2155 【当年IF=4.6/JCR1区/中科院1区，PMID:34197697】
27. Yajuan Feng#, Kang Tang#, Qi Lai, Jingxian Liang, Min Feng, Zhong-Wei Zhou, Haissi Cui, Xiangjun Du, Han Zhang*, Litao Sun*. The Landscape of Aminoacyl-tRNA Synthetases Involved in Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Infection. Frontiers in Physiology, 2022 Jan;12:818297 【当年IF=4.8/JCR1区/中科院2区，PMID: 35153822】
28. Yaqi Wang, Guoqin Mai, Min Zou, Haoyu Long, Yao-Qing Chen, Litao Sun, Dechao Tian, Yang Zhao, Guozhi Jiang, Zicheng Cao*, Xiangjun Du*. Heavy chain sequence-based classifier for the specificity of human antibodies. Briefings in Bioinformatics, 2022 Jan;23(1):bbab516 【当年IF=14.0/JCR1区/中科院1区，PMID:34953464】
29. Yinghan Wang#, Jinfeng Zeng#, Chi Zhang, Cai Chen, Zekai Qiu, Jiali Pang, Yutian Xu, Zhiqi Dong, Yanxin Song, Weiying Liu, Peipei Dong, Litao Sun, Yao-Qing Chen, Yuelong Shu*, Xiangjun Du*. New framework for recombination and adaptive evolution analysis with application to the novel coronavirus SARS-CoV-2. Briefings in Bioinformatics, 2021 Sep;22(5):bbab107 【当年IF=11.1/JCR1区/中科院1区，PMID:33885735】
30. Bing Zhang#, Shiwen Liang#, Gang Wang, Chi Zhang, Cai Chen, Min Zou, Wei Shen, Haoyu Long, Daihai He, Yuelong Shu*, Xiangjun Du*. Synchronized nonpharmaceutical interventions for the control of COVID-19. Nonlinear Dynamics, 2021 May;106(2):1477-1489 【当年IF=4.9/JCR1区/中科院1区，PMID:34035561】
31. Minchao Li#, Jinfeng Zeng#, Ruiting Li, Ziyu Wen, Yanhui Cai, Jeffrey Wallin, Yuelong Shu, Xiangjun Du*, Caijun Sun*. Rational design of a pan-coronavirus vaccine based on converved CTL epitopes. Viruses, 2021 Feb;13(2):333 【当年IF=4.7/JCR1区/中科院2区，PMID:33670023】
32. Zicheng Cao#, Feng Tang#, Cai Chen, Chi Zhang, Yichen Guo, Ruizhen Lin, Zhihong Huang, Yi Teng, Ting Xie, Yutian Xu, Yanxin Song, Feng Wu, Peipei Dong, Ganfeng Luo, Yawen Jiang, Huachun Zou, Yao-Qing Chen, Litao Sun, Yuelong Shu, Xiangjun Du*. Impact of systematic factors on the outbreak outcome of novel coronavirus disease (COVID-19) in China. Journal of Medical Internet Research, 2020 Nov;22(11):e23853 【当年IF=5.0/JCR1区/中科院1区，PMID:33098287】
33. Chi Zhang, Yinghan Wang, Cai Chen, Haoyu Long, Junbo Bai, Jinfeng Zeng, Zicheng Cao, Bing Zhang, Wei Shen, Feng Tang, Shiwen Liang, Caijun Sun, Yuelong Shu, Xiangjun Du*. A Mutation Network Method for Transmission Analysis of Human Influenza H3N2. Viruses, 2020 Oct;12(10):1125 【当年IF=3.8/JCR2区/中科院2区，PMID:33022948】
34. Chi Zhang#, Cai Chen#, Wei Shen#, Feng Tang, Hao Lei, Yu Xie, Zicheng Cao, Kang Tang, Junbo Bai, Lehan Xiao, Yutian Xu, Yanxin Song, Jiwei Chen, Zhihui Guo, Yichen Guo, Xiao Wang, Modi Xu, Huachun Zou, Yuelong Shu*, Xiangjun Du*. Impact of population movement on the spread of 2019-nCoV in China. Emerging Microbes & Infection, 2020 Dec;9(1):988-990 【当年IF=4.8/JCR1区/中科院2区，PMID:32321369】
35. Xiangjun Du, Aaron A. King, Robert J. Woods, Mercedes Pascual*. Evolution-informed forecasting of seasonal influenza A (H3N2). Science Translational Medicine, 2017 Oct;9(413):eaan5325 【当年IF=16.8/JCR1区/中科院1区，PMID:29070700】
36. Xiangjun Du#, E. Michael Gertz#, Damian Wojtowicz, Dina Zhabinskaya, David Levens, Craig Benham, Alejandro A. Schaffer*, and Teresa Przytycka*. Potential non-B DNA Regions in the Human Genome are Associated with Higher Rates of Nucleotide Mutation and Expression Variation. Nucleic Acids Research, 2014 Nov;42(20):12367-79 【当年IF=8.3/JCR1区/中科院2区，PMID:25336616】
37. Xiangjun Du, Damian Wojtowicz, Albert A. Bowers, David L. Levens, Craig J. Benham and Teresa M. Przytycka*. The Genome-wide Distribution of Non-B DNA Motifs is Shaped by Operon Structure and Suggests the Transcriptional Importance of Non-B DNA Structures in Escherichia coli. Nucleic Acids Research, 2013 Jul;41(12):5965-77 【当年IF=8.0/JCR1区/中科院2区，PMID:23620297】
38. Xiangjun Du, David J. Lipman and Joshua L. Cherry*. Why Does a Protein’s Evolutionary Rate Vary over Time? Genome Biology and Evolution, 2013 Mar;5:494-503 【当年IF=4.8/JCR1区/中科院2区，PMID:23436005】
39. Xiangjun Du#, Libo Dong#, Yu Lan, Yousong Peng, Aiping Wu, Ye Zhang, Weijun Huang, Dayan Wang, Min Wang, Yuanji Guo, Yuelong Shu*, Taijiao Jiang*. Mapping of H3N2 Influenza Antigenic Evolution in China Reveals a Strategy for Vaccine Strain Recommendation. Nature Communications, 2012 Feb;3:709 【当年IF=7.4/JCR1区/中科院1区，PMID:22426230】
40. Xiangjun Du#, Zhuo Wang#, Aiping Wu#, Lin Song, Yang Cao, Haiying Hang, Taijiao Jiang*. Networks of genomic co-occurrence capture characteristics of human influenza A (H3N2) evolution. Genome Research, 2008 Jan;18(1):178-187【当年IF=11.2/JCR1区/中科院1区，PMID:18032723】

发明专利

1. 通过模型预测流感抗原的方法及应用，2012，发明专利，专利号：ZL201010147536.8；
2. 一种基因突变网络的构建方法、装置、设备及存储介质，2023，发明专利，专利号：ZL 202110653805.6
3. 流感易感标志物和基于该标志物的流感高危人群预测模型的构建方法与应用，2024，发明专利，专利号：ZL202310108655.X
4. H9N2亚型禽流感毒株抗原性快速鉴别方法及装置，2024，发明专利，专利号：ZL202410020894.4
5. 用于新冠病毒易感性的预测标志物以及预测方法、装置，2025，发明专利，专利号：ZL 202410950802.2
6. 新型冠状病毒毒株抗原性快速鉴别方法及装置, 2025, 发明专利, 专利号：ZL 202410988849.8
7. B型流感病毒抗原性快速鉴别方法、装置、终端及介质，2025，发明专利，专利号：ZL 202410989243.6
8. H3N2流感病毒抗原性动态演化分析方法及装置，2025，发明专利，专利号，ZL20251 0086854.4
9. 人鼻病毒易感性评估方法、装置、电子设备及存储介质，2025，发明专利，申请号，202511966550.3
10. 用于急性上呼吸道感染易感性的预测标志物及预测方法，2025，发明专利，申请号，202511137412.4
11. 基于集成学习的人鼻病毒感染易感性预测软件，2025，软件著作权，申请号，2025R11L2881652
12. 甲型流感抗原相似性分析系统，2025，软件著作权，申请号，2025R11L2900925
13. H3N2流感病毒抗原性演化分析系统，2025，软件著作权，申请号，2025R11L2971355

获奖情况

1.吴瑞奖学金，2009；

2.中华医学科技奖医学科学技术奖二等奖，流感防控的关键生物信息技术及其创新应用体系，2020；

研究生培养

已培养硕士研究生17名，博士研究生9名；正在培养博士研究生4名，硕士研究生8名。

招生信息

常年接收本科生进行科研培训，常年招收博士生及硕士生，常年招收博士后以及专职科研（研究员、副研究员）。欢迎对流行病与卫生统计学、生物信息学、计算与系统生物学、网络科学、人工智能、数学建模等方向感兴趣，特别对传染病计算系统生物学感兴趣的预防医学、生命科学、物理、数学以及计算机方向的博士后、研究生和本科生加入我们的研究团队！

联系人：杜向军，联系方式：duxj9@mail.sysu.edu.cn ，来信请注明申请方向及职位。